Ученые проанализировали 1610 геномов вируса Эбола и их корреляцию с географией, климатом, экономикой и демографической ситуацией в регионах Западной Африки с целью выявить факторы, влиявшие на бурное распространение эпидемии. Эпидемия началась в 2013 году в Гвинее и уже в следующем году двинулась на юг, оказавшись в Либерии и Сьерра-Леоне. В статье ученые составили подробную филогению вируса и историю его распространения в трех наиболее затронутых странах.
Из проанализированных факторов совершенно очевидно с быстротой распространения вируса больше всего коррелировали малое географическое расстояние и высокая плотность населения, вызванная урбанизацией. Это соответствует стандартной «gravity-model dynamic», применяемой в экономических исследованиях и в изучении инфекционных заболеваний. Также было обнаружено, что наиболее стремительно вирус распространялся внутри стран, чем между ними, и это свидетельствует о том, что меры изоляции, принятые странами во время эпидемии, были действенными.
Среди интересных факторов, влияние которых проверяли авторы, были 17 местных диалектов, распространенных в Западной Африке – гипотеза предполагала, что вирус может интенсивнее передаваться среди людей, использующих один диалект, однако исследованием эта гипотеза не подтвердилась.
Кстати, когда вспышка эпидемии была в самом разгаре, для изучения образцов вируса Эбола в полевых условиях впервые использовали секвенатор – MinION компании Oxford Nanopore, и первые выводы о распространении инфекции были сделаны уже тогда. В статье авторы сравнивают свои результаты с «полевыми» выводами и отмечают, что они достаточно близки. Так что статья хоть и может казаться очевидной, тем не менее она показывает, как ценны могут быть методы секвенирования и геномики в эпидемиологических исследованиях.
Источник: www.nature.com